海洋馆设计的供水方式基本上分为三种:开放式、封闭式和半封闭式。

在开放式供水系统中，水流经水箱并被丢弃。其水质接近自然环境，有毒代谢排泄物不会积累。然而，温度控制和泵送的成本很高，并且经常需要过滤。

封闭供水系统中的水是再循环的，只是定期换水。排泄物不能连续从系统中被冲走，所以必须进行处理。一个重要的问题是氨必须被迅速去除或转化，因为氨即使在很低的浓度下也是有害的。


在水箱中，将氨转化为亚硝酸盐的细菌主要存在于过滤材料中。具有大表面积的砂质慢速过滤器通常用于确保这些细菌的存在。水箱中的植物生长，尤其是海水供应系统中的植物生长，通常不能充分利用细菌从亚硝酸盐中产生的所有硝酸盐。

虽然一些水箱这些年来很少换水，但它们通常需要每月换水1-10%，以保持硝酸盐处于低水平。在淡水和海水供水系统中使用碳有助于减缓含氮废物的积累。排泄物也会增加水中的酸度。碳酸盐化合物通常用于将酸度保持在最佳水平，尤其是当水不经常变化时。

半封闭供水系统与封闭供水系统基本相同，但与水源有固定的连接。定期添加新的水来控制溶解废物的问题。控制水温和抽水的成本低于开放供水。

过滤器范围从简单的流通系统到全自动再循环系统，配备有监控水的物理和化学性质的专用设备。每个水箱的换水率非常重要，不应超过两个小时。它还应配备通风器，以防止供水意外中断时鱼窒息。

海洋馆设计时要注意溶解氧：

水生动物自己消耗氧气，它们的排泄物分解并消耗氧气。由于储水有限，必须防止进水中缺氧。如果金鱼需要的溶解氧超过5毫升每升，如果少于1毫升每升，它会漂浮或窒息；冷水中的虹鳟鱼需要超过7毫升每升的溶解氧，如果低于3毫升每升，它就会死亡。一般来说，水温越高，溶解氧含量越少。

因为热带鱼的最佳温度通常在20℃以上，所以应该防止缺氧。为防止缺氧，应及时测定氧含量，并及时清除鱼粪和食物残渣。如果发现缺氧，有必要加快水循环或增加水的置换，或者使用气泵来充氧，甚至使用氧气瓶来输送氧气。

海洋馆设计时要注意酸碱度：

影响鱼塘水酸碱度升降的因素很少。最重要的因素是游离二氧化碳与碳酸氢盐的比例。二氧化碳越多，酸碱度越低。大多数热带鱼生活在弱酸性水中，它们的最佳值因物种而异，一般为6.0至7.0。热带鱼繁殖时，由于酸碱度的变化，它们不能产卵或孵化，所以应该随时调整。金鱼和海鱼一般适合酸碱度为7-8.5的中性或弱碱性水。当酸碱度小于7时，它们停止移动，食物摄入量减少，浮头出现。当酸碱度太高时，鱼很容易死亡。